杂交技术不以dna为基础是因为DNA杂交的基础是具有互补碱基序列的DNA分子，可以通过碱基对之间形成氢键等，形成稳定的双链区。分子杂交是核酸研究中一项最基本的实验技术。其基本原理就是应用核酸分子的变性和复性的性质，使来源不同的DNA（或RNA）片段，按碱基互补关系形成杂交双链分子。杂交双链可以在DNA与DNA链之间，也可在RNA与DNA链之间形成。
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